Die Bezeugung des ersten Baus reicht bis ins 12. Jahrhundert zurück. Die Wallfahrt zu „Unserem lieben Herrn ober Prien“ gab es schon im Spätmittelalter und erreichte im 17. Jahrhundert ihren Höhepunkt, als alljährlich 18 Pfarreien und Kreuztrachten hierher kamen. Seit dem 19. Jahrhundert ist die Wallfahrt jedoch in ständigem Rückgang begriffen und neuerdings weitgehend erloschen.
Das jetzt stehende Gotteshaus wurde in der Zeit der Spätgotik, im dritten Viertel des 15. Jahrhunderts, von Grund aus neu erbaut und im Jahre 1472 von Bernhard von Kraiburg, Bischof von Chiemsee, geweiht. Spätere Anbauten sind an der Westseite vorgesetzte, geräumige Vorhalle, ein Frühbarockbau von 1639 und die zum schlichten Kirchenbau wenig passende Sakristei von 1860, die entgegengesetzt an der Ostseite des Presbyteriums steht.
Die Kirche ist wegen der wertvollen Ausstattung nur während des Gottestdienstes geöffnet. Führungen mit Anmeldung beim Pfarramt Prien Tel.: +49 (0)8051 1010
Gottesdienste im St. Salvator finden regelmäßig an jedem letzten Freitag im Monat um 19 Uhr statt.